As terras da fazenda Cachoeira da Alegria tiveram como primeiro proprietário João Baptista Soares de Meirelles, importante mestre na cidade do Rio de Janeiro durante quase toda a vida.

Em 10 de dezembro de 1802, ele recebeu a carta de sesmaria assinada por dom Fernando, confirmada, em 22 de março de 1804, pelo príncipe regente, dom João. Em 1812, pediu a medição e demarcação de sua sesmaria, mas até 1817 o processo de demarcação não havia sido concluído. Sabe-se, porém, que provavelmente em 1826, por motivo de saúde, já passara a residir naquelas terras, onde fundou a fazenda São João Batista, situada na antiga vila de Santa Thereza, hoje município de Rio das Flores.

Casou-se com dona Joana Leonisia, a quem jurara amor eterno, e depois de sua viuvez tornou-se padre, passando a ser chamado de Padre Mestre. De sua união com dona Joana nasceram três filhos: Teresa de Jesus Maria Soares de Medeiros, que veio a se casar com Matheus Gomes do Val, José Estanislau e João Batista.

Após a morte de Padre Mestre, as terras em que se encontrava a sede da fazenda São João Batista passam para seu filho João Batista. Outra parte, coberta de mata virgem no início do século XIX, fica para seu genro Matheus Gomes do Val, que constrói a singular sede da fazenda Cachoeira da Alegria, num vale cujo silêncio é quebrado apenas pelo canto dos pássaros.

Na entrada da casa, uma escada com degraus em pedra lavrada em forma de leque leva a uma ante-sala toda envidraçada, com janelas arqueadas e contíguas, permitindo uma visão ampla do pomar que outrora verdejava naquele imenso vale. Pela ante-sala chegava-se à sala de visitas, ladeada por quatro enormes quartos, dois de cada lado. Daí, passava-se à sala de jantar, e havia mais dois quartos que completavam a base da edificação em forma de L. Da sala de visitas, uma porta levava a um corredor repleto de janelas à direita, que davam para um jardim; à esquerda, mais quartos, com janelas voltadas para o terreiro em frente à senzala em forma de Z; e, no final deste corredor, uma saleta com um oratório. Junto a este, um outro cômodo com a despensa, e a seguir a cozinha, com saída para uma escadaria também em pedra lavrada.

Em 1890, morre o senhor Matheus e a fazenda passa às mãos de seu filho, José Gomes do Val. No cartório da cidade de Rio das Flores, verificou-se que, em 1939, a fazenda foi adquirida pelo doutor Hisbelo Florentino Correa de Mello, das mãos do senhor Cleyton Lemos de Orlando e sua esposa. Mas não foi possível precisar até que data a fazenda permaneceu com a família de seus fundadores.

De 1939 até hoje, a fazenda teve vários proprietários, encontrando-se agora com os irmãos Antonio Dias Garcia Bisneto e Paulino Campos Dias Garcia, que nela desenvolvem a pecuária de leite.